O Magento é bom? Sim, não há dúvida. É a ferramenta de e-commerce mais promissora e com maior potencial? Sim, entre as que eu conheço e baseado no que muitos dizem e comprovam. Ainda há problemas? Sim, vários.
Pra você que quer uma loja Magento, tenha em mente que muitas coisas devem ser bem estudadas antes de começar o seu projeto. Teste o software, converse com o profissional (e com mais profissionais se possível), explique quais são as suas necessidades e o que você pretende com a sua loja.
Eu penso que o Magento ainda tem sérios problemas de tropicalização, isto é, dificuldades em adaptar-se a rotinas específicas do Brasil e principalmente aos meios de pagamento e envio brasileiros. Isso tudo porque o software é novo (2 anos não são muita coisa), praticamente não há desenvolvedores exclusivos e as principais empresas parecem ainda não dar atenção aos módulos de integração.
Afinal como se explica que módulos oficiais sejam lançados sem que tenham sido testados (um conhecido módulo não funciona por um erro em uma chave o que gera buscas em fóruns e muita dor de cabeça) ou deixem de operar quando o Magento é atualizado e após vários dias ainda não tenha um novo módulo disponível ou uma comunicação sobre o problema?
Na defesa do Magento, posso dizer que esse é o seu ponto fraco, mas uma boa equipe consegue resolver isso. Mais um motivo para que você analise bem com quem trabalhará. Uma loja virtual fora do ar ou com meios de pagamento quebrados é prejuízo na certa.